Sosiaali- ja terveysministeriö asettaa Eläketurvakeskuksen ylimmän päättävän elimen, eli edustajiston sekä nimeää hallituksen puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan. Edustajisto nimeää hallituksen muut 13 jäsentä.

Työeläketurvan rahoittavat työnantajat ja työntekijät yhdessä. Niinpä työmarkkinajärjestöillä on työntekijöiden ja työnantajien edustajina myös Eläketurvakeskuksen hallinnossa keskeinen rooli.

Hallitus nimittää toimitusjohtajan sekä muut johtajat, jotka ohjaavat toimintaa linjoittain toimitusjohtajan alaisuudessa.

Eläketurvakeskuksen toimitusjohtaja on Mikko Kautto. Tietohallinnosta, rekisteripalveluista ja hallinnosta vastaa johtaja Katri Raatikainen (toimitusjohtajan sijainen). Lakiasiat, kansainväliset eläkeasiat, vakuuttamisen valvonta ja neuvonta ovat johtaja Karoliina Kiurun vastuulla. Tutkimuksesta, tilastoista ja suunnittelusta vastaa johtaja Jaakko Kiander. Viestintä on viestintäjohtaja Tuovi Rautjoen vastuulla.